La crittografia end-to-end è ormai un must per tutti i servizi di messaggistica: questa permette di rendere estremamente sicure le chat, visto che nessuno (neppure gli sviluppatori dell'app) possono vedere i messaggi, se non ovviamente mittente e destinatario. Tra le app che la supportano, si è da poco aggiunta anche Messenger di Meta.
In realtà, l'app aveva iniziato a supportare la crittografia end-to-end già dal 2016, ma solo oggi questa è disponibile per tutti gli utenti, sia per quanto riguarda le chat che le chiamate. Per sfruttare questa funzionalità, è possibile attivare l'opzione Messaggi temporanei (scorrendo vero l'alto su un achat già esistente), oppure attivando l'apposito toggle durante la creazione di una nuova chat.
Oltre a ciò, l'app riceve diverse funzionalità, come la possibilità di utilizzare GIF, adesivi, reazioni o inoltrare messaggi nelle chat con crittografia. Inoltre, effettuando uno screenshot nelle chat crittografate, sarà inviata una notifica.